1966年以前，职工医院未成立传染科，肺结核、疟疾、伤寒、痢疾等由内科及儿科收治。1966年4月成立传染科，设病床48张，开始对传染疾病作系统的研究治疗，并分设呼吸和消化系统病房，隔离救治，防止感染。到1988年，传染科对肺结核、麻疹、病毒性肝炎、乙型脑炎、流行性脑炎、伤寒、副伤寒、猩红热等16种传染性疾病的治疗、护理均有一套完整的方法和经验，能对一些传染病病源及时追踪调查，作出预防治疗指导。随着经济的发展和人民健康水平的提高，一些历史上流行的传染性疾病逐渐减少和消亡，传染科诊治的病种、病源呈下降趋势，只能在春、夏两季交替时，才有病源和患者。2002年，因国内突发SARS病毒，医院以传染科为主成立发热门诊，专门针对非典时期做好预防和控制。2004年10月31日，为了提高医院感染性疾病的诊疗和控制技术水平，增强预防、控制传染病的能力，根据红河州卫生局（2004）279号文件转发卫生部要求在二级以上综合医院建立感染性疾病科的通知精神，传染科更名为感染性疾病科，将发热门诊、肠道门诊、呼吸道门诊和原传染科所诊治的传染性疾病统一纳入业务管理范畴。