药学部是集药品供应管理、临床药学服务、教学与科研为一体的技术职能部门，负责全院有关药品供应保障、药学研究和药事管理的相关工作，开展药物不良反应监测、临床合理用药监控、药代动力学研究、新药开发与评价、临床制剂研发等。2005年3月我院被正式批准为国家药物临床试验机构，接受多项临床新药研究。设有门诊药房、急诊药房、内科住院药房、外科内科住院药房、中药房、糖尿病专科药房、中心摆药室、药品库房、制剂室、药检室、信息资料室、药学实验室等多个分支部门。现有文职干部、相关药学、护理技术人员、职工共61人，其中主任药师2人，副主任药师5人，主管药师15人，主管护士4人;博士导师1人。具有本科学历以上人员32人，其中博士生3人，硕士生4人。近年来，在科研基金申请、科研项目、新药评价、制剂研发等方面均有快速的发展。目前已申请获得国家自然科学基金面上项目4项分别是：新骨架抗肿瘤先导物Des-B/C高活性位点衍生物合成与评价(2011.01-2013.12);海藻中抗空间辐射活性化合物的研究(2008.01-2010.12);活性先导化合物毛叶假鹰爪素C及其衍生物抗肿瘤作用靶点及机理研究(2006.01-2008.12);假鹰爪属植物抗肿瘤与抗艾滋病毒之新合成类似物研究(2003.01-2005.12)。国家自然科学基金内国际合作项目2项，军队科研基金项目多项，其中包括全军十一五杰出人才基金，总装备部医学科研基金2项;教育部留学回国启动基金一项，我院科研基金项目5项，累计研究经费百余万元。