安徽省立儿童医院小儿外科是全省规模最大，分科最细，设备先进，医疗技术力量雄厚的全省小儿外科龙头科室。分为新生儿外科、小儿普外科、小儿泌尿外科、小儿骨科及小儿心胸外科。现有主任医师4人，副主任医师6人，主治医师6人。先后引进小儿纤维结肠镜、肛门测压仪、小儿膀胱、腹腔镜等，对儿童各种先天性畸形的根治具有丰富的临床经验。特别是婴幼儿食道、肛门闭锁、巨结肠、消化道重复畸形，先天性心脏病等治疗以达到国内一流水平。