儿科始建于1999年，是以中医为特色、中西医结合全面发展的现代化结合科室，设有北京中医药薪火传承“3+3”工程刘弼臣名医工作室，是国家中医药管理局重点专科协作组建设单位，北京市儿科诊疗中心，教育部中西医结合临床儿科博士点、硕士点，中医儿科硕士点。现有主任医师2人，副主任医师3人，主治医师3人，住院医师2人，护士9人，其中博士导师1人，硕士导师4人，主管护师2人。儿科突出中医特色，开设特需专家门诊，24小时急诊及温馨病房服务。以中医辨证论治为指导，运用中医中药治疗小儿多发性抽动障碍、注意力缺陷障碍、厌食症、腹泻、过敏紫癜及小儿肺炎、支气管哮喘等儿科常见病、多发病，疗效显著，尤其在小儿多发性抽动症的中医治疗方面，有较深入的研究并取得满意疗效。作为北京中医药大学教学医院，儿科还承担包括本科生、七年制、留学生及新加坡南洋理工大学双学位班的临床教学及见习、实习任务，完成了系列中医高等教育培养工作。在儿科学术带头人王素梅教授的带领下，儿科目前承担国家十一五重大疾病支撑课题、国家自然科学基金项目、国家教育局科研课题及北京市自然科学基金、北京市科学发展基金等多项课题的研究工作，为科室的进一步发展壮大奠基了坚实的基础。