药学部是我院的重点学科，总人数53人，拥有专业技术人员42人、会计1人，其中主任药剂师1人、副主任药剂师2人、主管药剂师及主管中药师24人、药剂师及中药师9人，本科学历8人，大专18人。主要部门有药学部主任办公室、门诊西药房、门诊中药房、中心药房、西药库、中药库、TPN室、中药代煎室、信息资料室、临床药学室。多年来，我科在药品质量管理、医疗机构药事管理、特殊药品(毒、麻、生物制品)管理等方面建立了一套科学适用、行之有效的规章制度和工作方法，历次在省、市药监系统、卫生系统及中国药品生物制品检定所的常规检查和突击抽查中，在合肥地区均名列前茅，多次受到通报和内部刊物点名表扬。2005年度被市食品药品监督管理局、市卫生局共同授予规范药房的光荣称号。药学部自主培养临床药师，建立临床药师岗位，以病人为中心、，临床药师直接参与临床药物治疗、面对面为住院病人提供药学服务，为典型病例建立药历、提供出院药疗相关建议，提供药学信息咨询服务等。确保患者用药安全、有效、合理、经济。课题临床药师工作对提高药物治疗安全性和有效性的研究获2005年合肥市科技进步三等奖。全肠外营养配制工作为省内首创，是在无菌、百级净化的环境下开展的，涉及胃肠外科、肿瘤科、老年病科、胸外科、脑外科、ICU、骨科、呼吸科等十几个临床科室的各类病种患者。全营养混合液使用安全有效，对手术病人的康复、肿瘤病人的生存期和生活质量都有一定程度的提高，为危重病人赢得了救治时间。同时，营养处方的个体化，已使得药剂师在医师处方时有着不可替代的指导优势，收到了较好的社会效益和经济效益。全营养混合液的配制和应用研究获2002年合肥市科技进步三等奖。药品不良反应监测工作，我院药品不良反应监测的常设机构：ADR监测办公室设在我科，上报省药品不良反应监测中心的有效报表数连续三年来均名列前茅，多次受到省药品不良反应监测中心的表扬和鼓励。同时我科加强对重点病例的分析、评价，并将结果及时反馈给临床，从而减少或避免了药品不良反应或药源性疾病的发生。2005年度被安徽省ADR监测中心评为省级先进单位。自主编辑《一院药事》 我科内部刊物《一院药事》是开展合理用药与药事法规宣传，提供药学服务、信息交流、加强药-医、药-护勾通的一座桥梁，除了登载最新的新药介绍、医药动态或相关信息外，还根据我院的实际情况先后编发了：药品不良反应专刊、SARS用药专刊、口服药物与进食时间指南及时辰对药效的影响等内容，受到临床科室的好评。药学部设有教学科研小组，负责组织全科各级各类专业技术人员的业务学习、学术活动、人才梯队的管理以及督促科研课题的实施。几年来，药学部药学专业技术人员多人次应邀担任省、市药学会、药监系统、卫生系统专业技术学习班、继续教育项目主讲;多人次作为特邀嘉宾在省、市各新闻媒体，作有关合理用药知识宣教及答疑系列讲座。2002年至今已有两项科研课题获得合肥市科技进步奖，另两项已在合肥市科技局立项，其中药品不良反应的经济学研究已作为2006年市内重点课题在研。5年来全科在CN级刊物上发表论文36篇。