本科是医院重点科室之一，设有胃肠外科、甲状腺乳腺外科、腹壁外科、肝胆外科等专业组。现有主任医师2人，副主任医师3人，博士后2人，博士1人，硕士3人。科室配有先进的德国诺道夫腹腔镜4套，包括成人、小儿镜（10mm、5mm、3mm），诺道夫乳腔镜，美国强生乳腺璇切系统，美国强生数码超声刀、氩气刀，日本奥林巴斯胆道镜、胃十二指肠镜、结肠镜、德国狼牌激光碎石机等设备。 该科主要诊治甲状腺、乳腺、胃肠道、肝胆脾胰及腹壁、血管等器官疾病，开展了肝三叶切除、胰十二指肠切除、胃癌根治、结直肠癌根治、门脉高压症、门奇静脉断流、脾腔分流、肠腔分流、硬化剂治疗、胆囊癌根治等重大、高难度手术。 2005年，吴阶平医学基金会在该科设立微创外科培训基地。微创技术作为科室特色，已开展腔镜手术80余种，包括：腔镜甲状腺手术，腔镜乳腺手术，腹腔镜肝叶切除术，腹腔镜胃癌、结直肠癌根治术，腹腔镜脾切除术，各种腹腔镜疝修补术，腹腔镜胃肠穿孔修补术，腹腔镜胆囊、阑尾切除术，腹腔镜肾上腺肿瘤切除术，肝、肾脓肿切开引流术，腹腔镜肠粘连松解术，腹腔镜联合胆道镜、十二指肠镜治疗肝胆管结石，腹腔镜减肥手术，腹部诊断不明疾病的诊治等等。我科还开展胆道镜检查及取石、内镜下逆行胰胆管造影、十二指肠乳头oddis括约肌切开术、鼻胆管外引流、支架置入等手术。并软硬镜相结合，开展了胆道镜、腹腔镜、十二指肠镜联合治疗肝胆管结石、肿瘤；结肠镜、腹控镜相结合微创治疗结直肠癌；胃镜、腹腔镜相结合微创治疗胃癌等新术式。 同期，在《中华外科杂志》、《中华普通外科杂志》、《中华肝胆外科杂志》、《中华实用外科杂志》、《中国微创外科杂志》等科技核心期刊友表论文100余篇，获10余项省市课题资助，研究成果两项。