肝胆外科是国家重点学科，江苏省肝胆疾病临床医学中心，江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科。内设肝脏、胆道外科、移植外科和微创外科、南京大学肝胆研究所。目前编制床位150张，高级职称12人。 学科的主攻方向是重症肝病和肝胆肿瘤，注重医疗质量和优质服务。同时，采用前沿的分子和细胞生物学技术进行人工肝脏、肝胆肿瘤等基础和临床的研究。成果获得国家、省、市科技成果奖10余项，发表SCI收录的学术论文60余篇。特色医疗: 1、1995年，在国内率先成功开展了背驮式肝脏移植。2001年，在江苏省率先成功开展了肝肾联合移植。近300余例肝脏移植的手术成功率和病人生存率居国内领先。人工肝脏联合肝脏移植治疗重症肝功能衰竭获得江苏省科技进步一等奖。 2、 生物性人工肝及其与肝脏移植的联合使用，代表了终末期肝病的治疗方向，学科通过10余年的艰苦努力，攻克了离体肝细胞培养和扩增、生物反应器的自主研发、动物模型的制备等多项技术难关，并对16例患者进行了生物人工肝治疗，获得2002年江苏省科技进步二等奖及2003年教育部科技进步二等奖。近年来，肝胆研究所开展了猪肝细胞与骨髓干细胞共培养构建生物人工肝的基础研究，获得了突破性进展。成果发表于国际著名的学术刊物上，并获得多项国家发明专利。 3、 在肝胆肿瘤的外科治疗方面，一直保持国际先进、国内领先的优势。从上世纪80年代开始，在国内外率先开展改良式无血切肝技术、半离体肝切除技术。近十年来，在国内领先开展肝脏肿瘤冷循环射频消融技术和精准肝切除技术。目前，每年完成各种复杂肝胆外科手术千余例，手术成功率和患者生存率居国内领先。在基础研究方面，肝胆研究所采用国际先进的病理学和分子生物学技术，针对肿瘤血管新生，肿瘤干细胞等国际前沿的课题进行多层次的研究。课题获得多项国家自然科学基金资助。