嘉兴一院血吸虫病科一直是嘉兴市重点专科，经多年努力，于2001年被省卫生厅批准为第二批省重点扶植学科。该科是目前浙江省唯一集血吸虫病预防、治疗、科研和管理工作为一体的专科，在省内外具有一定的知名度。 从50年代起，一直承担着嘉兴地区的血吸虫病诊断治疗和科研任务，对血吸虫防治有着丰富的临床经验。曾在血吸虫病专家、老院长周学章(已故)的带领下，取得了令人瞩目的成就，在全国颇具影响。 1992年嘉兴血吸虫病防治院并入我院后，成立了血吸虫病临床研究室和晚期血吸虫病管理办公室(简称晚血办)，当时由省血吸虫病研究委员会委员、主任医师乌文琳任科主任，重新开设血吸虫病专科病区和专科门诊。2007年起，由吴一鸣副主任医师担任科主任。继续承担着五县二区的血吸虫病的诊治和省内外疑难病人、输入性疑似血吸虫病人的诊治、晚血临床鉴定和会诊、疑似病例的疫情报告等各项任务。 通过几代人的努力，在血吸虫病防治工作中先后获得国家发明奖1项，科技成果奖21项。近年来开展省协作科研项目晚期血吸虫病与生化的研究获省政府1992年度科技进步二等奖;超声诊断在日本血吸虫病诊治中实用价值的研究获省政府1997年度科技进步优秀奖和省卫生厅科技成果三等奖，吡喹酮治疗日本血吸虫病远期随访研究课题经省卫生厅组织的血吸虫病有关专家鉴定认为：填补了国内、外空白，达到国际先进水平，该项目获省卫生厅1998年度科技成果二等奖。晚期血吸虫病巨脾及肝纤维化程度对免疫功能的影响课题获嘉兴市2004年度科技进步二等奖。日本血吸虫病肝纤维化发展机制及其防治的临床研究课题2007年初经专家评审研究认为该项成果已达到同类研究的国内领先、国际先进水平。目前申报评奖现已获得省卫生厅2006年度科技创新二等奖，获嘉兴市科技进步一等奖。先后共发表论文200余篇，参加国际交流10余篇，2003年还编辑出版了血吸虫病专辑。 1998年起，该科连续3年承办了3期国家级继续教育项目《血吸虫病防治新进展》学习班。2003年9月份又组织举办国家级继续教育项目《血吸虫病肝纤维化防治进展学术会议》，并受卫生部血吸虫病专家咨询委员会委托举办了《血吸虫病肝纤维化诊断和治疗研讨会》。 该科设有预防、临床(内、外科)、B超、病理、化验5个学组，现有主任医师3名，副主任医师7名。