西安交大附属二院性病中心是陕西省性学会性传播疾病防治专业委员会唯一挂靠单位，是中国性学会协作单位之一，为省级艾滋病监测哨点。该中心由我院皮肤科、泌尿科、传染科、遗传优生等各学科的著名专家及资深博士坐诊，是专门从事各种性传播疾病(包括艾滋病及其医学心理咨询)临床诊断，实验室检查和教学科研为一体的综合专家门诊,中心现有专家教授5人，副教授4人，主治医师3人，化验室技师4人，治疗技师3人，主管护师1人。该中心实验室开展对各种性传播疾病的病原体，包括淋球菌、支原体、衣原体、疱疹病毒、梅毒螺旋体、HPV病毒、霉菌、滴虫、艾滋病毒等病原体的化验，方法先进，特异性强。并开展对尖锐湿疣等赘生物的多功能电离子和激光治疗。