厦门市第二医院眼科能熟练地开展眼科各种大、中、小型手术，如眼部整形术、眼肌手术，白内障青光眼手术等。设有小儿斜视弱视专科及中西医结合眼病专科，尤其在眼底病的检查及治疗手段方面已达到国内先进水平，下半年将开展白内障超声乳化术。