该科创建已50余年，是医院的重要科室，在全市人民心目中享有很高信誉，在全省乃至全国儿科界亦有一定名气，是福建医科大学等医学院校重要临床教学基地。曾在创建我市儿童医院中起重要作用，並为其培养及输送了大量医疗护理技术骨干，亦为我市儿科医疗技术力量培养了大批人材，至今仍是我市儿科医疗教学科研中心。自市儿童医院建成后，儿科现有床位改为50张，最多收治90张。配有医师19人（其中主任医师4人、副主任医师5人、主治医师6人）。分设急救、新生儿、血液、神经、肾脏、心血管及儿童保健等专业。儿科现已建立一套比较完整的诊疗常规，而且许多疑难、危重病症都能及时得到诊断、抢救及治疗。儿科设有危重抢救室及新生儿危重病室，使危重病人的抢救成功率及治愈率大大提高，深受患儿家属的信赖。学科带头人刘思赵主任医师主编正式出版的《实用儿科常见病诊疗手册》一书，荣获2000年度市政府科学进步三等奖，苏秀瑛主任医师等完成的儿童急性白血病临床治疗系列研究课题荣获2004年度市政府科技进步一等奖。目前我科还承担市科委资助的多个科研项目正在进行中。