南京军区机关医院肛肠科是国家重点肛肠疾病治疗研究中心，也是全国十大肛肠诊诊基地，是南京最权威的肛肠疾病治疗研究中心，医院援有20余名20-35年临床经验专家，也是南京肛肠专家医院。南京军区机关医院肛肠外科秉承打造南京肛肠医疗第一品牌的发展理念，坚持专家立院的发展方针，汇聚了来自广州、上海、北京、天津、武汉等地临床经验丰富、专业技术突出的知名专家以及教授、主任医师等常年在我科室坐诊。并以京、沪、粤、以及台湾等地著名资深肛肠病专家为核心，同国内国际多家医院及学术机构建立了广泛的学术联系平台。同时，南京军区机关医院肛肠外科依托军医强大的自身优势，引进国内外先进医院管理经验、先进仪器设备和先进治疗理念，秉承一切为了患者，为了患者的一切的基本方针，坚持中西医结合、男女分诊的基本治疗体系，以及依托医院强大科研力量，不断创新诊疗方法，全心全意致力于为患者解除病痛，全力打造让社会放心、让患者满意、让员工骄傲的高标准国际化肛肠专科治疗中心。目前医学记载肛肠疾病达七十余种，其中发生在肛门直肠肠段最多，如痔疮、肛裂、肛痿、肛周脓肿、肛乳头瘤、肛隐窝炎、肛门狭窄、肛门失禁、肛门湿疣、肛门湿疹、肛门瘙痒症、肛门周围神经性皮炎、肛门接触性皮炎、肛门癣、肛门闭锁、肛管炎、耻骨直肠肌综合症、骶尾部畸胎瘤、肛管癌、肛管皮肤缺损、直肠尿道痿、蛲虫病、直肠癌、直肠类癌、直肠息肉、脱肛、直肠前突、直肠炎(溃疡性、放射性、淋菌性、非淋菌性、非特异性等)、克隆氏病、直肠阴道痿、直肠内套叠、粪嵌塞、肛门直肠神经官能症、孤立性直肠溃疡综合症等疾病。