临床部下设白内障、青光眼、眼底病、角膜病、眼外伤整形、病眼肿瘤等10个专业及7个亚科;研究所下设基础部、应用基础部、行政部和防盲研究室以及眼科分子生物、眼科遗传病、眼科细胞生物学与细胞移植、眼科药理、眼科病理等6个专业实验室。中心专业齐全、临床技术突出、仪器设备先进、具有较高的学术水平，在眼底病、难治性青光眼、复合性眼外伤、角膜移植、准分子激光角膜屈光矫正手术、白内障人工晶体植入、激光诊疗、防盲指导、低视力研究等方面居国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。此外，中心还将依靠眼科的先进技术，凭借同仁医院的综合实力，与相关学科合作发展边缘学科、交叉学科，在神经眼科学、创伤眼科与眼外伤以及鼻眼相关疾病、颌面外科与眼科等领域形成特色。眼科综合门诊已经正式开放， 由主治医师出诊，方便广大患者进行就诊，随着新院区病源量的增加， 医院计划开设门诊手术，社区医疗服务也正在统筹规划中。