西安市儿童医院儿科分设有消化专科、心血管专科、新生儿专科及呼吸专科，泌尿外科是市级重点专科，同时医院还拥有一批特色科室，如NICU、PICU、小儿妇科等。医院附设有陕西省儿科疾病研究所、陕西省儿科医师进修教育培训基地、陕西省儿童哮喘防治中心、陕西省儿童医疗中心和西安市残疾儿康复中心。