温州医学院附属二院手术室自1982年创建至今，从两张手术台发展为拥有现代化仪器设备的30张手术台的手术室。(现分为院本部手术室25张手术台和南浦院区手术室5张手术台)。院本部手术室坐落在育英综合楼四楼和五楼，占地面积2900多平方米，手术室拥有符合国际标准的洁净标准的手术间25间。均采用国际先进的层流净化系统，其中百级净化手术间4个，千级净化手术间9个，万级净化手术间17个，洁净走廊及附属房间净化级别为十万级。手术室备有中心供气装置，中心吸引装置及各种手术所需的中心气体供应。手术室的手术床，无影灯，电刀、消毒仪器设备、麻醉机，吊塔等均采用国际国内品牌仪器与设备。手术室采用手供一体的管理设置，在院本部设有手术室供应器械清洗消毒灭菌的各种仪器设备：包括瑞典的洁定高压消毒灭菌锅二台，超声波器械清洗机、器械烘干机、美国强生过氧化氢等离子消毒锅等设备。促使手术室的术前器械准备更快捷，更规范，手术流程的管理更顺畅，更高效率的配合完成手术。手术室在管理理念上体现人文关怀，四楼手术部门外设有宽敞、明亮的病人家属等候大厅，为等候手术的家属和儿童提供舒适玩乐的场所。手术室内部设置背景音乐，舒缓的背景音乐可使病人精神放松，缓解病人进入手术室后的紧张情绪。手术室内仪器设备包括：5套国际先进的全套腔镜系统，包括：腹腔镜、宫腔镜、腕关节镜、膝关节镜、椎间盘镜、胸腔镜，多台显微镜，泌尿科电切镜，钬激光碎石机，两套磨钻，STRYKER骨电钻，PK刀，电动取皮刀，电动抽脂机及各类充足的手术器械等。