广东三九脑科医院康复治疗科建立于2001年。2008年作为医院二级学科正式成立。10年风雨兼程，学科团队日益壮大，已经发展成为广东地区规模宏大、功能设置完整、康复治疗设备齐全、技术成熟、医教队伍精良的康复治疗科。学科占地面积约3000平方米，共设有7大康复治疗区。学科下设四大治疗科和三个二级小组。现有医师、治疗师150多人。多年来，学科坚持“对脑瘫科、神经康复科、神经内科、神经外科、心理行为医学科、肿瘤科、重症监护室（ICU）等临床科室进行康复治疗的全面介入、早期介入、多手段介入，强调医、护、技、患康复理念相互融合、医院康复与家庭康复相互融合”的康复理念，在神经康复和儿童康复两大领域中不断探索，形成“三介入两融合”、以“评估为中心”的，独具三九脑科医院特色的“大康复模式”。 学科结合医院患者结构和病人特点，做出了亚专业定位，设计出以小儿脑瘫康复、肿瘤康复、中医外治法康复、神经重症康复、植物状态促醒、精神心理康复、康复工程辅具、康复评估等；运动分析实验室、神经调控实验室、平衡实验室三个高尖端的实验室；建立了以评估为中心的质控体系，确保患者疗效。