安徽医科大学附属阜阳医院儿科位于住院部南楼17楼。目前，科室共设37张标准化病床，拥有副主任医师2人，主治医师2人，住院医师4人，是集医疗、教学、科研为一体的团队。科室规划为儿童呼吸、儿童内分泌、儿童血液等多个亚临床专业组，拥有儿童肺功能检测仪，儿童电子支气管镜，儿童呼气一氧化氮测定仪，儿童雾化室，儿童精密微量泵等诊疗设备和设施。2018年全年儿科门诊接诊患者3.6万余人次，儿科住院部出院患者近1500人次。常规诊疗项目科室可收治儿科各种常见疾病：如毛细支管炎、支气管肺炎、肺炎支原体肺炎、小儿哮喘、腹泻、小儿胃炎、婴儿肝炎综合征、川崎病、癫痫、心肌炎、病毒性心肌炎、营养性贫血、化脓性脑炎、病毒性脑炎、过敏性紫癜、血小板减少性紫癜、儿童心肺复苏、急性呼吸衰竭、急性中毒、矮小症、性早熟、糖尿病、儿童白血病等。可常规开展的诊疗操作有：头皮静脉穿刺，股静脉穿刺，足跟采血，桡动脉穿刺，外周动脉插管，外周静脉插管，脐血管插管，骨髓穿刺，腹腔穿刺，经鼻胃插管，经鼻幽门/十二指肠插管，经口气管插管，经鼻气管插管，胸腔穿刺及引流，心包穿刺，腰椎穿刺，儿童肺功能检查，儿童支气管镜检查、儿童呼吸一氧化氮检测等。