扬州市中医院消化内科是该院最早成立的集医疗、教学、科研于一体的临床专科。科室拥有电子胃镜、电子肠镜等先进医疗设备，常规开展门诊病房以及消化内窥镜的诊断治疗工作，尤其是在急慢性胰腺炎、慢性肝病、难治性溃疡病、慢性萎缩性胃炎伴肠化、炎症性肠炎、食管胃返流性疾病、幽门螺杆菌感染、消化系统肿瘤等病的治疗方面有丰富的临床经验。尤其是内窥镜下中西药喷注及局部注射治疗消化道出血和溃疡、镜下微波治疗疣状胃炎、镜下微波高频电凝电切治疗消化道息肉、注射硬化剂治疗食道静脉曲张出血、以及消化道肿瘤的局部化疗粒子植入等治疗手段有的放矢，为省内外许多疑难患者解除了疾苦，受到了患者和家属的好评。