上海交通大学医学院附属新华医院小儿感染科，是全国为数不多的独立运行的儿童感染科，目前科室拥有医生12人，其中高级职称5人。目前小儿感染科由一个病区（21张床位）、两个专科门诊（感染专科门诊和手足口病专科门诊）和一个临床研究基地组成。小儿感染科的临床研究基地以感染性疾病病原的精准检测为特色，在传统的细菌培养基础上，开展了多种新型快速精准病原的综合检测，组织了多学科疑难感染MDT，大大提高了新华儿科的感染性疾病的诊治水平。医疗特色小儿感染科以脓毒血症、小儿肝病、EB病毒感染、不明原因发热以及其他各系统的感染为特色病种，小儿肝脏穿刺活检为重点操作，以病人为中心，急病人所急的理念，积极收治华东地区乃至全国多家医院转诊的各类疑难感染性病人。