呼吸科组建于1978年5月，现有床位37张，包括呼吸重症监护室（RICU）床位3张。另有肺功能 、纤支镜检查室，睡眠实验室和呼吸科实验室。南京大学医学院、第一、第二大军医大学硕士研究生点。现有工作人员22名，医师10名，护士12名；其中博士后1名，博士4名，硕士2名。 在临床工作中，呼吸内科担负着病人的住院诊治、门诊、急诊和全院有关科室会诊，肺功能检查、睡眠疾病检查，纤维支气管镜检查和支气管照射影像检查，院外会诊、抢救世等日常工作；以及干部病房的特医、下基层的巡回医疗、健康查体、医院急救医疗队、抗洪救灾医疗队等临时工作。1978年建科后逐步开展了对各种呼吸病的诊断和治疗，在国内较早地开展了经皮肺穿刺活检、纤维支气管镜等检查。1994年建立睡眠实验室并率先在军内开展睡眠疾病的诊断和治疗。并于90年代在国内报告了首例军团菌病，并首次分离出一株军团杆菌，从而开始在全国有一定的知名度。目前科室在临床工作和为病人服务方面的特点有：1、各种呼吸道感染性疾病的诊断和治疗，如军团菌病、肺炎衣原体感染、组织胞浆菌感染、重症和难治性肺部感染等，曾成功救治20多例重症肺部感染病人的生命；2、睡眠疾病的诊断和治疗：在睡眠呼吸暂停综合症的诊治方面处于国内领先水平，即通常老百姓所说的打鼾症，可以对打鼾的程度进行判断，作出是否为疾病状态的诊断，以及如何进行治疗；3、呼吸衰竭与机械通气治疗：呼吸衰竭是呼吸系统疾病的重症，该科在呼吸衰竭的救治方面积累了许多经验，抢救成功率很高，尤其是需要气管插关和人工机械通气的病人。此外，哮喘的治疗，肺癌的化疗等方面在南京市也有一定的知名度。