南京大学医学院附属鼓楼医院消化内科由我国著名的消化病专家吴锡琛教授与张志宏教授于1953年创建。消化内镜中心创建于1954年，为全国成立最早的内镜中心之一。吴锡琛教授在国内率先开展半曲式内镜检查，撰写了国内第一本胃镜检查专著。上世纪80年代，吴锡琛教授和张志宏教授创办了国内第一本消化内镜领域的杂志——《内镜》杂志。1996年8月，《内镜》杂志升格为《中华消化内镜杂志》，目前为国内最有影响力的消化内镜杂志。消化内科现为国家临床重点专科、江苏省临床重点专科、江苏省消化内镜诊疗中心、江苏省消化系统疾病及消化道肿瘤临床医学中心、江苏省创新团队、南京消化病临床医学中心、中华医学会消化内镜医师培训中心江苏省培训基地、中国医师协会消化内镜培训基地、中华医学会消化内镜学分会副主任委员单位。消化内科在2020年复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜中位列全国第15名，是江苏省消化领域唯一入围科室。消化内科现有医护人员133名，其中主任医师13人、副主任医师12人，教授4人、副教授7人，博士生导师4人、硕士生导师18人。编制床位156张，其中本部115张，江北院区41张。设消化内镜中心、胃肠动力检查室、消化重症监护室（GICU）和消化科实验室。消化内镜中心占地3000平方米，开设29个内镜诊疗室，4个X光诊疗室，1个动力检查室，1个胶囊内镜检查室，1个碳13呼气试验室。内镜中心拥有奥林巴斯高清290内镜系统、UCT260线阵超声内镜、小肠镜、飞利浦DSA、数字胃肠X光机、Given胶囊内镜系统和内镜清洗消毒追溯系统等先进设备。科室建立了完善的消化系疾病微创诊疗平台，设置了，ERCP、EUS、肝病与介入、消化重症、动力疾病、IBD、小肠及胶囊内镜及早癌ESD等8个特色亚专业组。科室是南京大学、东南大学、南京医科大学、南京中医药大学、江苏大学及徐州医科大学的博士、硕士培养点。每年招收各类博士、硕士30余名。近年来培养博士、硕士200余名。科室建立了具有鲜明特色的消化系疾病微创诊疗培养体系，开设了消化系疾病诊治专科进修班、早癌ESD、EUS、ERCP及肝病介入等5个进修班。另外，科室还开设了西部早癌病理高级培训班，每年培训各类进修医生150余人。科室拥有先进的实验室，配置了专职科研人员，承担了国家自然科学基金、江苏省自然科学基金、南京市社发基金等多个科研项目，近年来在《Gut》、《GIE》、《Endoscopy》等杂志发表多篇文章。科室获得了中华医学科技奖二等奖、江苏省科学技术奖二等奖、江苏医学科技奖一等奖、江苏省医学新技术引进奖一等奖、江苏省医学新技术引进奖二等奖等多个重要奖项。