创立于1958年的心胸外科是国内较早开展心胸外科手术的专业科室，近50年的积累，科室学术技术力量雄厚，已成为省内医疗、教学与科研的重要基地，是较早拥有硕士授予权的科室之一，为南通大学重点发展科室。现有教授4名、副教授3名，副主任医师以上职称9人，在青年医师中95％具有博士、硕士以上学位。每年完成各类心胸手术800例以上。 近年来，我科在心胸外科专业上取得了长足的发展。在食管、肺及纵隔手术等方面积累了丰富的经验。肺癌、食管癌的综合治疗显著提高了患者的生存率和生存质量，在国内具有领先水平。上世纪80年代我科率先在苏北地区开展了体外循环下心内直视手术，本世纪初又率先成功开展了多例心脏移植手术和复杂大血管手术。目前常规开展各种心血管手术，如各类复杂的先天性心脏病（法洛氏四联症、房室管畸形、肺静脉异位引流、Ebstein畸形等）、复杂多瓣膜置换术、冠脉搭桥术、大血管支架植入术等。微创外科手术也得到较快发展，如腋下小切口手术、体外循环心脏不停跳手术、电视胸腔镜治疗纵隔、肺、食管疾病以及手汗症等已经在科内普及。